Мару сынишка Токио? - Да, один из. По крайней мере, на это все указывает. Но пока не ясно, он именно сын или клон.
Кто напал на комплекс? - Пока неизвестно даже в манге, скорее всего какие-то службы, которые прознали о деятельности организации, но эт только мое предположение.

Хотя бы директриса то сдохла? - Скорее да, чем нет.
Кируко трап или сестра считающая себя братом? - По шрамам на голове скорее брат в теле сестры, мозг пересадили. Этим занимался врач, который должен был бабку перенести в новое тело(в приюте).