не думаю что всё погибли, показаны были те, кто был в Еве: Рей, Кадзи, Аска, Каору. Было показано что их на капсулах от Ев спасли. С Мисато только не помню что произошло.
Мать Синдзи исполнила желание и проткнула копьём обе Евы вместо самого Синдзи, из-за чего можно предположить, что Синдзи то-же жив и сейчас в новом мире. Но нам не показано как он с Мари спаслись, а только странная сцена у берега, которую я не совсем понял.
Так-же в заблуждение вводит сцена на станции метро, где Синдзи и Мари находятся на одной стороне, а Каору и Рей на другой, что может якобы указывать на то, что они по разным берегам находятся.