@Ifeelsane, тут, как мне кажется, нет сюжета как такого (в привычном понимании начало - конец, цель - достижение цели). Тут, как и в нашем мире, есть череда взаимосвязанных событий, где одна вещь создает другую (например: Вторая мировая - создание двух блоков стран - холодная война - развал СССР). Тут что-то такое же - просто переплетение разных событий, где одно истекает из другого или связанно с ним.
А так, если попробовать прикинуть, то основа сюжета - становление Атсуши, нахождение своего места в мире, принятие себя и, пожалуй, попытка Акутагавы добиться расположения Дадзая.
Ну и Достоевский как антагонист, к котормоу готовились со второго сезона (арка Фицджеральда) и которого надо победить. Пожалуй все.