После изменения:
История происходит в далёком будущем, через тысячу лет после бегства людей с Земли, разрушенной гигантскими инопланетными монстрами, называемыми Гауна , на борту огромного космического корабля, созданного из астероида "Сидония". На нем тысячу лет назад случайно выжила, из-за мастерства одного пилота, геологическая экспедиция землян, которую просто забыли в ходе эвакуации землян из Солнечной системы на кораблях поколений, связь с которыми давно утеряна.
Большинство из остатков человечества, пребывающих на борту, обучается с самого раннего возраста, чтобы стать пилотами и быть в состоянии справиться с различными угрозами с помощью Стражей. На Сидонии на протяжении многих лет сложилась определенная культура, основанная на клонировании человека, бесполом размножении и генетической инженерии, например, создание гибридов человека/растения, обладающих способностью к фотосинтезу.
История рассказывает о Нагатэ Таникадзэ, с рождения жившего в подповерхностном слое Сидонии со своим дедом. Там он каждый день тренировался на старых тренажёрах, мечтая стать пилотом Стража. Когда еда закончилась, Таникадзэ был вынужден подняться на более высокие уровни, чтобы украсть рис, однако был схвачен. В итоге он узнал, что находится на Сидонии, и был вынужден отправиться в числе молодых пилотов на обучение.
